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譜康醫(yī)學(xué) | 單管檢測35人份PBMC——大隊列樣本編碼策略
聚光 發(fā)布時間：2024-08-09 聚光 來源：聚光科技公眾號 聚光 瀏覽量：2917



大隊列流式樣本編碼策略

在大隊列流式樣本研究中，為保證樣本間實驗操作的一致性，通常會先對每份樣本進行barcoding編碼，然后將所有樣本混合成1管，進行統(tǒng)一的后期抗體染色等實驗步驟。同批次對多個樣本進行處理，可節(jié)約抗體等試劑，節(jié)省操作時間和重復(fù)性操作成本，減少因人工操作和機器狀態(tài)帶來的單個樣本差異性，極大的提高實驗結(jié)果的可靠性和準(zhǔn)確性。

本次實驗采用活細(xì)胞barcoding編碼方案，用Cd（111Cd、112Cd、116Cd）和Pt（194Pt、195Pt、196Pt、198Pt）標(biāo)記的CD45作為編碼抗體試劑，從7種同位素中任選3種，以金屬組合編碼的方式標(biāo)記不同細(xì)胞樣本，將樣本編碼上限拓展到了35人份。相比于市面上的20-plex Pd Barcoding編碼需要先對細(xì)胞進行固定破膜，使用活細(xì)胞barcoding編碼可以避免部分抗體在固定破膜后特異性不好、染色效果不佳的缺陷。

本實驗使用譜康醫(yī)學(xué) MSFLO 質(zhì)譜流式細(xì)胞儀分析檢測 35 人份混合編碼的外周血樣本免疫細(xì)胞。MSFLO 質(zhì)譜流式細(xì)胞儀是先進的懸液單細(xì)胞蛋白檢測平臺，具備高靈敏、高通量、多靶標(biāo)的單細(xì)胞蛋白組學(xué)檢測能力，以及溶液、單細(xì)胞、單顆粒等多種工作模式，其強大的算法可實現(xiàn)多種單細(xì)胞編碼方式的解碼功能。

此外，該編碼方式具備一定的可拓展性，以Cd（7種金屬同位素）和Pt （4種金屬同位素）標(biāo)記的CD45為例，采用11選3方案，最多可進行165人份樣本同批次處理與單管上樣，為臨床大樣本隊列和高通量藥物篩選研究做準(zhǔn)備。



應(yīng)用方案
儀器配置
MSFLO 臺式質(zhì)譜流式細(xì)胞儀

實驗設(shè)計
（1）Barcoding 設(shè)計


 （2）主要試劑


結(jié)果分析

通過算法對混合樣本進行解碼，可有效鑒別35種編碼方式對應(yīng)的35個樣本文件，熱圖和tSNE也能進一步證實35個樣本之間區(qū)分明顯，分離效果優(yōu)秀。

（1）文件解碼


（2）可視化分析

  • 35個樣本CD45 histogram

  • 35個樣本CD45 heatmap

  • 35個樣本tSNE分布

（3）對解碼后35個樣本進行CD4/CD8 T cells、B cells、Monocytes和NK cells分群圈門，各細(xì)胞亞群分群效果較好，亞群比例統(tǒng)計結(jié)果如下：


解碼后的35個樣本以CD4/CD8 T細(xì)胞為例的分群效果：


譜康醫(yī)學(xué) MSFLO 質(zhì)譜流式細(xì)胞儀致力于為生命科學(xué)領(lǐng)域提供強大的單細(xì)胞、多靶標(biāo)檢測技術(shù)手段，滿足單細(xì)胞 40 色及以上檢測指標(biāo)需求，且通道間基本無串?dāng)_、無需調(diào)節(jié)補償，背景信號低，工作模式豐富，為不同科學(xué)研究領(lǐng)域提供強有力的技術(shù)解決方案。

聚光科技生命科學(xué)板塊旗下杭州譜康醫(yī)學(xué)科技有限公司，成立于2020年，以流式細(xì)胞檢測技術(shù)為核心，提供專業(yè)化的硬件及配套試劑，同時為客戶開發(fā)開展定制化服務(wù)。公司堅持流式細(xì)胞儀產(chǎn)業(yè)化協(xié)同發(fā)展戰(zhàn)略，擁有高學(xué)歷流式設(shè)備專業(yè)研發(fā)團隊，標(biāo)準(zhǔn)化的GMP生產(chǎn)車間，豐富的實驗室建設(shè)經(jīng)驗，成熟的實驗室管理體系，已經(jīng)全面掌握流式核心的設(shè)備制造技術(shù)及設(shè)備集成的開發(fā)能力，旨在為客戶提供整套細(xì)胞解決方案。



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